Alleiniger Gesellschafter der GFB ist die öffentlich-rechtliche Stiftung "Großes Waisenhaus zu Potsdam". Durch Beschluss des Kabinetts der Landesregierung Brandenburg 1992 wurde die Stiftung wiederbelebt. Seitdem ist sie eine öffentlich-rechtliche Stiftung mit Sitz in Potsdam und verfolgt ausschließlich und unmittelbar gemeinnützige Zwecke im Sinne der Abgabenordnung.
Höchstes Organ der Stiftung ist der Stiftungsrat. Die Mitglieder des Stiftungsrates üben ihre Tätigkeit ehrenamtlich aus.
| Geschäftsführung der Stiftung | |
| René Schreiter | |
| Stiftungsrat | |
| Rosemarie Thölken | Vorsitzende, Staatskanzlei |
| Sigrun Paepke | stellv. Vorsitzende, Ministerium für Bildung, Jugend und Sport |
| Volker-Gerd Westphal | Ministerium für Bildung, Jugend und Sport |
| Gisela Wiehoff | Ministerium der Finanzen und Europa |
| Jörg Wollny | Ministerium des Innern und für Kommunales |
| Stellvertretende Mitglieder | |
| Regina Büttner | Ministerium für Bildung, Jugend und Sport |
| Sabine Herold | Staatskanzlei |
| Matthias Pawlitzky | Ministerium des Innern und für Kommunales |
| Anja Peitz | Ministerium der Finanzen und Europa |
| Reinhard Wilms | Ministerium für Bildung, Jugend und Sport |